El funcionamiento de Skyscanner se basa en ser un motor de búsqueda de vuelos. Examina las principales aerolíneas y proveedores de viajes en línea para que los usuarios puedan comparar las tarifas de vuelos hacia cualquier destino desde un mismo sitio. Una vez que el usuario encuentra el vuelo más conveniente, puede realizar la reserva directamente con el proveedor sin que Skyscanner añada cargos adicionales.